Sylabus przedmiotu

Drukuj

Przedmiot:

Podstawy bioinformatyki

Kierunek:

Biotechnologia, I stopień [6 sem], stacjonarny, ogólnoakademicki, rozpoczęty w: 2013

Tytuł lub szczegółowa nazwa przedmiotu:

Podstawy bioinformatyki

Rok/Semestr:

III/5

Liczba godzin:

20,0

Nauczyciel:

Mazur Andrzej, dr hab.

Forma zajęć:

laboratorium

Rodzaj zaliczenia:

zaliczenie na ocenę

Punkty ECTS:

2,0

Godzinowe ekwiwalenty punktów ECTS (łączna liczba godzin w semestrze):

2,0	Godziny kontaktowe z prowadzącym zajęcia realizowane w formie konsultacji
20,0	Godziny kontaktowe z prowadzącym zajęcia realizowane w formie zajęć dydaktycznych
8,0	Przygotowanie się studenta do zajęć dydaktycznych
15,0	Przygotowanie się studenta do zaliczeń i/lub egzaminów
15,0	Studiowanie przez studenta literatury przedmiotu

Poziom trudności:

średnio zaawansowany

Wstępne wymagania:

Zaliczone kursy Genetyki i Biochemii

Metody dydaktyczne:

ćwiczenia laboratoryjne
wykład konwersatoryjny
z użyciem komputera

Zakres tematów:

Treści ćwiczeń: Wyszukiwanie informacji biologicznych w Internecie: metabaza NCBI (National Center for Biotechnology Information). Baza danych bibliograficznych PubMed w NCBI. Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych GenBank, zintegrowane narzędzie Entrez: użycie słów kluczowych oraz operatorów logicznych. Baza danych schorzeń genetycznych człowieka OMIM, baza danych polimorfizmu pojedynczych nukleotydów SNP, użycie narzędzia MapViewer - analiza danych dotyczących ludzkiego genomu. Strukutra genomowych baz danych na przykładzie CMR (Comprehensive Microbial Resource). Przykłady analizy sekwencji aminokwasowych (1D): przewidywanie post-translacyjnych modyfikacji białka, subkomórkowej lokalizacji, masy molekularnej; analiza profilu hydrofobowosci; elementy analizy podobieństwa białek z wykorzystaniem programów Fasta, Blast, Psi-Blast, Phi-Blast; zestawienia homologicznych sekwencji aminokwasywych z wykorzystaniem programu Clustal, elemety analizy filogenetycznej; analiza 2D: przewidywanie struktury drugo-rzędowej; analiza 3D: baza danych PDB, wizualizacja struktury białka programem JMol, RasMol, PyMol; interpretacja struktury przestrzennej białka, modelowanie struktury białka (server 3D PSSM, Phyre)

Forma oceniania:

ćwiczenia praktyczne/laboratoryjne
ocena ciągła (bieżące przygotowanie do zajęć i aktywność)
realizacja projektu

Warunki zaliczenia:

Prezentacja multimedialna podsumowująca wyniki kompuerowej analizy hipotetycznej sekwencji DNA i/lub białka

Literatura:

Baxevanis, A.D., Ouellette, B.F.F. Bioinformatyka: podręcznik do analizy genów i białek. PWN 2005
Higgs P.G., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN 2008

Modułowe efekty kształcenia:

01	Student potrafi wskazywać obszary działania i interdyscyplinarny charakter bioinformatyki oraz charakteryzować sposób przetwarzania i zapisu informacji w biologicznych bazach danych
02	Student potrafi opisywać i tłumaczyć wpływ nagromadzonych w biologicznych bazach danych informacji na rozwój biotechnologii i nauk biomedycznych
03	Student potrafi wykorzystywać zasoby biologicznych i literaturowych baz danych
04	Student potrafi poprawnie interpretować komputerowo przetworzone i zapisane w bazach danych informacje dotyczące procesów biologicznych
05	Student potrafi wykorzystywać informacje zgromadzone w biologicznych bazach danych do projektowania eksperymentów w badaniach biotechnologicznych i biomedycznych
06	Student potrafi posługiwać się podstawową terminologią z zakresu bioinformatyki
07	Student ma świadomość konieczności tworzenia i rozwijania publicznych biologicznych baz danych
08	Student wykazuje przekonanie o istotności informacji zgromadzonych w bazach danych, możliwości ich praktycznego wykorzystywania oraz potrzebie integracji informacji pochodzących z różnych źródeł wiedzy w przy tworzeniu baz danych w celu pełnego opisu zawartych w nich zjawisk i procesów biologicznych