Sylabus przedmiotu

Drukuj

Przedmiot:

Bioinformatyka

Kierunek:

Biologia, II stopień [4 sem], stacjonarny, ogólnoakademicki, rozpoczęty w: 2013

Specjalność:

biochemia

Rok/Semestr:

II/3

Liczba godzin:

10,0

Nauczyciel:

Grela Przemysław, dr

Forma zajęć:

laboratorium

Rodzaj zaliczenia:

zaliczenie na ocenę

Punkty ECTS:

1,0

Godzinowe ekwiwalenty punktów ECTS (łączna liczba godzin w semestrze):

0	Godziny kontaktowe z prowadzącym zajęcia realizowane w formie konsultacji
10,0	Godziny kontaktowe z prowadzącym zajęcia realizowane w formie zajęć dydaktycznych
0	Przygotowanie się studenta do zajęć dydaktycznych
0	Przygotowanie się studenta do zaliczeń i/lub egzaminów
0	Studiowanie przez studenta literatury przedmiotu

Poziom trudności:

podstawowy

Wstępne wymagania:

zaliczone kursy Inżynierii genetycznej i Biologii molekularnej

Metody dydaktyczne:

ćwiczenia laboratoryjne
klasyczna metoda problemowa
z użyciem komputera

Zakres tematów:

Analiza sekwencji DNA: wyszukiwanie motywów funkcjonalnych w DNA, ORF-ów, tworzenie kontigów sekwencji. Metody analizy podobieństwa sekwencji DNA i białek: algorytmy BLAST i FASTA. Algorytmy do wielokrotnych dopasowań sekwencji DNA i białek (programy: Clustal, GeneDoc). Analiza dopasowanie wielu sekwencji aminokwasowych; tworzenie złożonych wielodomenowych danych wejściowych oraz wyznaczenie poprawnego dopasoawnia; posługiwanie się programem Clustal; zasady analizy filogenetycznej (algorytm średnich połączeń UPGMA, metoda najbliższego sąsiedztwa, metoda bootstrap). Konstrukcja drzew filogenetycznych, ich topologia oraz kryteria oceny. Analiza sekwencji białek: bazy danych PROSITE, Pfam, PDB. Molekularne modelowanie 3D białek, interpretacja struktury 3D białek z wykorzystaniem programów PyMol, VMD; metody wizualizacji i obrazowania interakcji molekularnych w cząteczkach białek (ligand/ białko, białko/białko).

Forma oceniania:

ocena ciągła (bieżące przygotowanie do zajęć i aktywność)
realizacja projektu

Warunki zaliczenia:

zaliczenie na ocenę

Literatura:

Baxevanis, A.D., Ouellette, B.F.F. Bioinformatyka: podręcznik do analizy genów i białek. PWN 2005
Higgs P.G., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN 2008

Dodatkowe informacje:

Celem kursujest zapoznanie studenta z podstawowymi algorytmami i metodami analiz sekwencji DNA i białek, terminologią służącą do opisu uzyskiwanych wyników oraz sposobami ich interpretacji.

Modułowe efekty kształcenia:

01	Charakteryzuje właściwości cząsteczek DNA i białek w oparciu o komputerowo przetworzone informacje
02	Wskazuje i charakteryzuje osiągnięcia bioinformatyki, które pozwalają na rozwój medycyny oraz biotechnologii
03	Dobiera podstawowe algorytmy i samodzielnie przeprowadza proste analizy sekwencji DNA i białek
04	Weryfikuje wyniki, interpretuje je i wyciąga wnioski z przeprowadzanych in silico analiz
05	Jest krytyczny w interpretacji uzyskiwanych wyników i ma świadomość ich charakteru jako pomocniczego narzędzia w przewidywaniu funkcji genów i białek.
06	Żywi przekonanie o konieczności rozwijania i tworzenia bardziej zaawansowanych narzędzi i algorytmów do analiz bioinformatycznych, wobec szybkiego postępu biologii molekularnej