| Przedmiot: |
Bioinformatyka |
| Kierunek: |
Biologia, II stopień [4 sem], stacjonarny, ogólnoakademicki, rozpoczęty w: 2013 |
| Specjalność: |
biochemia |
| Tytuł lub szczegółowa nazwa przedmiotu: |
Bioinformatyka |
| Rok/Semestr: |
II/3
|
| Liczba godzin: |
10,0 |
| Nauczyciel: |
Kalita Michał, dr |
| Forma zajęć: |
laboratorium |
| Rodzaj zaliczenia: |
zaliczenie na ocenę |
| Punkty ECTS: |
1,0 |
| Godzinowe ekwiwalenty punktów ECTS (łączna liczba godzin w semestrze): |
| 0 |
Godziny kontaktowe z prowadzącym zajęcia realizowane w formie konsultacji |
| 10,0 |
Godziny kontaktowe z prowadzącym zajęcia realizowane w formie zajęć dydaktycznych |
| 0 |
Przygotowanie się studenta do zajęć dydaktycznych |
| 0 |
Przygotowanie się studenta do zaliczeń i/lub egzaminów |
| 0 |
Studiowanie przez studenta literatury przedmiotu |
|
| Poziom trudności: |
podstawowy
|
| Wstępne wymagania: |
Zaliczone kursy Genetyki i Biochemii
|
| Metody dydaktyczne: |
- ćwiczenia laboratoryjne
- wykład konwersatoryjny
- z użyciem komputera
|
| Zakres tematów: |
Analiza sekwencji DNA: wyszukiwanie motywów funkcjonalnych w DNA, ORF-ów, tworzenie kontigów sekwencji. Metody analizy podobieństwa sekwencji DNA i białek: algorytmy BLAST i FASTA. Algorytmy do wielokrotnych dopasowań
sekwencji DNA i białek (programy: Clustal, GeneDoc). Analiza dopasowanie wielu sekwencji aminokwasowych; tworzenie złożonych wielodomenowych danych wejściowych oraz wyznaczenie poprawnego dopasoawnia; posługiwanie się
programem Clustal; zasady analizy filogenetycznej (algorytm średnich połączeń UPGMA, metoda najbliższego sąsiedztwa, metoda bootstrap). Konstrukcja drzew filogenetycznych, ich topologia oraz kryteria oceny. Analiza sekwencji białek: bazy
danych PROSITE, Pfam, PDB. Molekularne modelowanie 3D białek, interpretacja struktury 3D białek z wykorzystaniem programów PyMol, VMD; metody wizualizacji i obrazowania interakcji molekularnych w cząteczkach białek (ligand/białko, białko/białko).
|
| Forma oceniania: |
- ćwiczenia praktyczne/laboratoryjne
- ocena ciągła (bieżące przygotowanie do zajęć i aktywność)
- realizacja projektu
|
| Literatura: |
Baxevanis, A.D., Ouellette, B.F.F. Bioinformatyka: podręcznik do analizy genów i białek. PWN 2005
Higgs P.G., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN 2008
|
| Modułowe efekty kształcenia: |
| 01 |
Student potrafi opisać znaczenie metod bioinformatycznych w rozwoju nauk medycznych i biotechnologicznych |
| 02 |
Student potrafi opisać znaczenie metod bioinformatycznych w rozwoju nauk medycznych i biotechnologicznych |
| 03 |
Student potrafi scharakteryzować szczegółowo właściwości cząsteczek DNA i białek na podstawie komputerowo przetworzonych informacji o ich pierwszorzędowej strukturze |
| 04 |
Student potrafi posługiwać się specjalistycznym słownictwem z zakresu bioinformatyki |
| 05 |
Student potrafi zstosować podstawowe narzędzia i algorytmy bioinformatyczne w samodzielnie prowadzonych analizach sekwencji DNA i białek |
| 06 |
Student potrafi interpretować i wyciągać wnioski z przeprowadzonych in silico analiz |
| 07 |
Student rozumie konieczność tworzenia i rozwijania publicznych biologicznych baz danych |
| 08 |
Student rozumie pomocniczy charakter narzędzi bioinformatycznych w określaniu funkcji genów i białek |
|
